Le sorelline Satsuke e Mei (11 anni la prima, 4 la seconda) si trasferiscono insieme al padre in un villaggio di campagna, in attesa che la madre venga dimessa dal vicino ospedale.
Inizia così il loro viaggio alla scoperta di un nuovo mondo, abitato da creature fantastiche.
Il loro primo incontro è coi makkurokurosuke; spiritelli della fuliggine che occupano le vecchie case abbandonate e che solo i bambini possono vedere.
In seguito Mei, esplorando la sua nuova casa e seguendo delle tracce di ghiande, s'imbatte in due spiritelli, uno piccolissimo dal pelo bianco e uno più grande e azzurro: seguendoli fin dentro il grande albero di canfora che domina sulla zona, incontra Totoro, uno spirito buono dall'aspetto un po' pittoresco: un incrocio tra una talpa, un orso e un procione, suo padre però le spiega che è il custode della foresta, colui che porta il vento, la pioggia e la crescita, vederlo è un privilegio che non può essere concesso sempre.
Un giorno però Mei, arrabbiata perché la madre non può ancora tornare a casa e preoccupata per le sue condizioni, decide di andare da lei, ma è troppo piccola per affrontare il viaggio sino all'ospedale da sola e quindi si perde.
Disperata, Satsuki si rivolge a Totoro che chiama il Gattobus, il quale la porta in un attimo dalla sorella ed infine la madre.