Una ragazza di nome Sheeta, la quale ha al collo una pietra magica in grado di farla volare, per scappare da un gruppo di ceffi intenzionati, i quali vogliono la pietra, scivola dalla sua aeronave e cade su un villaggio.
Duramente la sua caduta, una luce misteriosa la avvolge e dolcemente la fa cadere tra le braccia di un ragazzo, Pazu, il quale la porta a casa sua; dopo aver fatto amicizia, Pazu scopre che Sheeta appartenava al popolo di Laputa, un leggendario castello volante che viaggia nel cielo nascosto dalle nuvole da centinaia di anni.
Così Pazu decide di aiutarla a ritornare a casa e insieme intraprendono una lunga avventura, ostacolata da pirati e dall'esercito.